一些专业人士反映，现在有的医院在应该使用生物安全柜的场所使用*，不少操作人员认为这两种设备外形相同，作用大同小异，日常操作的样本都是普通样本，不具有高致病传染性。
对此，南京庚辰仪器强调，生物安全柜和洁净工作台具有本质的差别：洁净工作台是只保护样品的设备，其通过过滤器的净化空气向下吹过工作区来保护样品。由于工作区是正压区，气流通过操作窗口外溢，因此，其不保护操作人员和环境。如操作样本中含有已知、未知或潜在致病菌，很可能给操作人员和环境带来危害。与之不同的是，生物安全柜是一种负压过滤排风柜，其排放的气体都经过滤器严格过滤，这样可以保护操作者和环境免于暴露在实验过程中产生的有害气溶胶中。正确操作生物安全柜，能够保护操作人员、样品和工作环境。因此，使用洁净工作台替代生物安全柜的相关医疗单位及实验室应重新对实验室微生物危险度进行评估，如对操作人员和环境有潜在危险，应及时替换原有洁净工作台，并根据不同需要，改配适型的生物安全柜。